就连j·罗伯特·奥本海默的朋友和同事也承认，在关键时刻，他没有帮自己什么忙。他的急躁、傲慢和自我承认的抨击倾向使他很难讨人喜欢，他在政治领域的naïveté使他对早期冷战的环境准备不足。奥本海默的行为到底对他造成了多大的伤害，PBS的《j·罗伯特·奥本海默的审判》(The Trials of J. Robert Oppenheimer)详细介绍了这一点。他私下里对自己的道德价值感到不安和怀疑。据记者兼历史学家普里西拉·麦克米兰(Priscilla McMillan)说，这位科学家后来说，他的安全听证会让他自己感到“厌恶”。
但无论奥本海默犯了什么错，这场最终剥夺了他的安全许可、实际上结束了他的公共生涯、毁掉了他个人的听证会，已经被视为一场源于红色恐慌的闹剧。即使在当时，对一名忠诚的美国人的对待也引起了公愤。根据洛斯阿拉莫斯国家实验室，近500名科学家签署了一份请愿书，抗议该决定及其对国防实验室招聘的潜在影响，并将其提交给德怀特·d·艾森豪威尔总统。
艾森豪威尔政府没有采取任何行动，安全委员会的决定直到2022年才被推翻。但在奥本海默的一生中，包括艾森豪威尔的继任者在内，人们都在努力恢复他的声誉。约翰·f·肯尼迪(John F. Kennedy)与奥本海默的关系并不密切，但作为参议员，他确实为奥本海默最大的敌人之一投了关键的一票。在奥本海默被暗杀之前，作为总统，他准备授予他一项最高的国家荣誉，他的努力没有白费。
作为参议员，肯尼迪投票反对奥本海默的敌人
约翰·f·肯尼迪与j·罗伯特·奥本海默的第一次交往是间接的。1958年，当肯尼迪还在美国参议院任职时，刘易斯·施特劳斯(Lewis Strauss)是艾森豪威尔政府的代理商务部长。施特劳斯在私人商业上有着悠久的成功历史，曾担任原子能委员会主席五年。他也是一个报复心强、控制欲强的人，他对奥本海默在听证会上羞辱他和反对发展氢弹一直怀恨在心。
现在，斯特劳斯利用他在媒体和联邦调查局的关系来破坏奥本海默在政府中的地位，以及在德怀特·d·艾森豪威尔(Dwight D. Eisenhower)眼中的地位，这是一个公开的记录。这场运动在剥夺奥本海默安全许可的听证会上达到高潮。在参议院举行的确认听证会上，施特劳斯参与了反对这位科学家的运动，这是赢得商务部长一职的必要条件。
《刘易斯顿每日太阳报》当时的报道表明，肯尼迪最初倾向于投票给施特劳斯。但在令人紧张的最后投票中，这位来自马萨诸塞州的参议员最终以46比49的票数否决了施特劳斯。在发表在《波士顿环球报》上的解释中，肯尼迪没有提到奥本海默或反对他的运动。相反，施特劳斯的支持者在听证会后用激烈的游说和相互矛盾的承诺向参议员们长篇大论，这让他更不安。但这仍然是反对这个毁掉奥本海默公众生涯的人的关键一票——施特劳斯在自己的听证会后也将面临同样的命运。
肯尼迪计划授予奥本海默恩里科·费米奖(约翰逊也这么做了)
1963年4月，《科学》杂志宣布j·罗伯特·奥本海默将获得当年的恩里科·费米奖。费米奖于1956年由德怀特·d·艾森豪威尔(Dwight D. Eisenhower)设立，由总统授予在能源科学和技术领域取得成就的人，并提供丰厚的现金奖励。科学界认为，奥本海默被选为诺贝尔奖得主，是他向摒弃冷战歇斯底里症迈出的一步。冷战歇斯底里症曾严重伤害了奥本海默。
据《今日美国》报道，约翰·f·肯尼迪的科学顾问曾敦促他将这一荣誉授予奥本海默。总统在奖状上签了字，准备在12月的一个仪式上亲自把奖状颁发给这位医生。奇怪的是，奥本海默本人也想拒绝这个奖项。根据普里西拉·约翰逊(Priscilla Johnson)的《j·罗伯特·奥本海默的毁灭》(The Ruin of J. Robert Oppenheimer)，他之所以犹豫不决，是因为作证反对他的爱德华·泰勒(Edward Teller)在前一年获得了诺贝尔奖，而且这个决定带有明显的政治性质。但他最终还是觉得不得不接受。
肯尼迪在准备颁奖的前几天遇刺身亡。但在林登·约翰逊(Lyndon Johnson)担任总统后的第一个行动中，他继续举行了颁奖仪式，并将奖项颁发给了奥本海默。根据美国总统项目，他承认这个奖项是肯尼迪的决定，并对他的死表示哀悼。奥本海默说，给像他这样的人颁奖需要“一些慈善和勇气”。
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